都道府県ごとに設置されている各神社庁（例：東京都神社庁、京都府神社庁など）は、地域に根差した神社の運営支援を行っています。その仕事内容は多岐にわたり、事務局職員や地域の役員神職が連携して日々実務をこなしています。
第一の役割は、神職の任免手続きや資格管理、労務管理のサポートです。神社本庁の包括下にある神社において、宮司（代表役員）や禰宜（ねぎ）などを任命する際には、神社庁を経由して神社本庁へ上申・発令される厳格な人事ルートが存在します。
第二に、伊勢神宮の神札である「神宮大麻（じんぐうたいま）」の頒布管理と祭祀の振興です。毎年秋から年末にかけて全国の家庭に届けられる神宮大麻は、神社本庁から各都道府県神社庁へ、さらに地域ごとの「支部」を経由して各神社の氏子総代へと届けられます。あわせて、過疎化が進む地域の神社維持や、地域住民で構成される氏子総代の育成・表彰も重要な管轄業務です。
一般参拝者との接点としては、神事の作法指導や地域の神社紹介、初穂料の目安に関する問い合わせ対応などがあります。ただし、神社庁自体が直接祈祷や厄払いを執り行うわけではなく、基本的には管轄内の適切な神社を案内する相談窓口としての機能が中心です。
