来店を検討する人々が最も神経を尖らせるのが、ジャングル東京の料金システムの全貌です。結論から言えば、メインフロアを利用する限りにおいて、同店は六本木の高級店として極めて標準的かつ明朗な価格設計を採用しています。
基本となる通常セット料金は、1セット（50〜60分）あたり13,000円〜16,000円前後に設定されており、指名料（本指名・場内指名）やTAX（消費税＋サービス料）が25%〜35%加算されるのが通例です。フリーで1セット軽く飲むだけであれば、3万円前後の予算感で収まる計算になります。しかし、同店の真骨頂はそこではありません。
著名人や大口VIPが利用するジャングル東京VIPルーム料金およびVVIP個室は、まったく別次元のプライシングが敷かれています。個室料（ルームチャージ）として1時間あたり20,000円〜50,000円以上が計上されるほか、高級シャンパンやプレステージボトルの注文が暗黙の了解となるミニマムチャージ（最低消費金額）が設定されているケースが一般的です。一夜で数百万円から数千万円が動くと言われる現場の資金流動性は、まさにこのVIPエリアによって支えられています。
