身曾岐神社の主祭神は、皇祖神である天照太神（あまてらすおおかみ）と、禊教の開祖である天徳貴命（てんとくたかのみこと・井上正鉄翁神霊）です。神社名が示す通り、その最大のご利益は「みそぎ（身削ぎ・身清ぎ）」による厄祓い・心身浄化・運気再生・家内安全にあります。
境内で見逃せない3大見どころと授与品の特徴は以下の通りです。
1. 木曽檜で組み上げられた「水上能楽堂」
池の清らかな水面に張り出すように建てられた入母屋造の本格能舞台です。橋掛かりから本舞台へと続く構造美は、日本建築の極致。毎年8月3日には、薪能「八ヶ岳名月能」が開催され、幽玄の美が繰り広げられます。auのテレビCMで松田翔太さん演じる桃太郎らが登場する舞台としても全国的に脚光を浴びました。
2. 古神道の秘儀「火祥神事（かしょうしんじ）」
身曾岐神社の真髄とも言えるのが、火祥殿で毎日斎行される「火祥神事」です。神道における火（か）と水（み）の力によって、参拝者の祈願が込められた祈祷木（木札）を浄火にくべ、一切の罪穢れや厄災を焼き尽くす厳粛な神事。一般の参拝者も初穂料を納めることで祈願に参加することができます。
3. 澄んだ音色で運を開く「水琴鈴（すいきんれい）」と限定御朱印
社務所で極めて高い人気を誇るのが、日本庭園の水琴窟（すいきんくつ）の仕組みを応用した「水琴鈴のお守り」です。一般的な鈴のジャラジャラとした音とは一線を画し、まるで水滴が地中の甕に滴り落ちたかのような「キーン」という澄んだ高音が響き渡ります。この美しい音色自体が魔を祓い、心を浄化する力を持ちます。また、御朱印には通常の墨書・朱印に加え、ゆずの葉や実があしらわれた季節ごとの美しい限定御朱印が授与されており、参拝記念として愛されています。
