公共交通機関を利用する場合、ホテルJALシティ長崎のアクセスは非常にスムーズです。長崎空港からは空港リムジンバスを利用し、「長崎新地ターミナル（新地中華街）」停留所で下車すれば徒歩約3分で到着します。また、長崎駅方面からは長崎電気軌道（路面電車）の「新地中華街」電停から徒歩約3分と、迷う余地のない好立地です。
ただし、自家用車やレンタカーで訪れる際はホテルJALシティ長崎の駐車場事情を事前に把握しておく必要があります。ホテル敷地内には立体駐車場（普通車・ハイルーフ対応枠あり）が完備されていますが、先着順での案内となります。大型SUVや車高の高いワンボックスカーは駐車可能台数に限りがあるため、満車時は近隣の提携駐車場やコインパーキングを利用する流れとなります。
