痔瘻を「痛くないから」「手術が怖いから」と長年放置し続けることには、取り返しのつかない痔瘻手術しないリスクが潜んでいます。最大のリスクは病巣の複雑化と、長期的炎症から誘発される痔瘻放置のリスクと痔瘻癌の発生です。
最初は一本の細い管だった単純痔瘻も、化膿と排膿を繰り返すうちにトンネルが木の枝のように四方八方へ分岐し、「複雑痔瘻」へと悪化します。病巣が肛門を取り囲む括約筋の深部まで広がると、手術の難易度が跳ね上がるだけでなく、括約筋を大きく傷つけずに切除することが困難になり、術後に便やガスが無意識に漏れてしまう「肛門変形」や「便失禁」の後遺症リスクが高まります。
さらに恐ろしいのが、10年以上の慢性的な炎症経過によって発症する「痔瘻癌（肛門部腺癌・粘液癌）」です。大腸肛門病領域の臨床統計によると、痔瘻を10年以上放置した患者の一部に癌化が認められています。痔瘻癌は通常の直腸癌と異なり、瘻管の奥深くで静かに進行するため早期発見が極めて困難です。発見された時点ではすでに骨盤内へ広範囲に浸潤していることが多く、肛門を永久的に切除して人工肛門（ストーマ）を造設せざるを得ないケースや、生命に関わる事態に直結します。
