手荷物検査場以上にボトルネックとなりやすいのが、大型スーツケースなどを預けるカウンターです。手荷物預けを甘く見ていると、あっという間に搭乗締め切りが迫ってきます。
羽田空港の国内線手荷物預け締め切りは、保安検査場の通過締め切り（出発20分前）に間に合うよう、実質的に「出発時刻の30分前まで」に完了していることが推奨されています。航空会社によっては「出発20分前まで預け可能」と表記されているケースもありますが、預けた直後に保安検査場へ走り込まなければならず、物理的に不可能です。
とりわけ注意したいのが、連休初日や夏休みシーズンの朝7〜9時台、あるいは夕方17〜19時台です。この時間帯は手荷物カウンターに数百人の列ができるケースがあり、自動手荷物預け機であっても15〜20分以上の待ち時間が発生します。家族連れで荷物が多い場合や、スキー板・ゴルフバッグ・ベビーカーなどの大型手荷物を有人カウンターで預ける必要がある場合は、予定よりもさらに30分前倒しして行動してください。
