洛南高等学校のもうひとつの顔が、全国トップクラスの実績を誇る「部活動の圧倒的強さ」です。進学校でありながら、特定の競技においてインターハイやウィンターカップ、全国高校駅伝の頂点に君臨し続けています。
代表格である洛南高等学校バスケットボール部は、数々の日本代表選手（比江島慎選手ら）を輩出してきた全国屈指の名門です。緻密な戦術理解と基礎技術の徹底、そして強靭なメンタリティを叩き込む指導法は高校バスケ界の指導者からも絶賛されています。また、陸上競技部においても、桐生祥秀選手をはじめとする短距離界のトップアスリートや、全国高校駅伝で上位入賞を争う長距離陣など、科学的トレーニングを取り入れた指導で全国にその名を轟かせています。
注目すべきは、こうしたトップアスリートたちも仏教精神に基づいた礼節と学業の基礎を等しく重んじている点です。「知育・徳育・体育」の3つが乖離することなく一体となって機能していることこそ、洛南が単なる受験予備校でも単なるスポーツ強豪校でもない、独自のエリート校と呼ばれる所以です。
