2013年の暴力事件後、監督が退任したPL学園は後任の指導者選任において深刻な迷走に陥りました。野球経験のない校長が監督登録を行うなど現場は混乱を極め、2014年秋には学校側が「2015年度以降の新規部員募集停止」を通達します。
この決定の背景には、相次ぐ不祥事に対する学校法人側の危機感がありました。万が一、再び暴力事件が発生して警察沙汰や世論の批判を浴びれば、学校法人の存続そのものが揺らぎかねない状況でした。そのため、抜本的な改善が困難であるならば部を閉鎖すべきだという判断が下されたのです。
2016年7月15日、第98回全国高校野球選手権大阪大会の初戦。部員わずか12名（全員3年生）で挑んだ試合に敗れ、PL学園野球部は60年以上に及ぶ公式戦の歴史に幕を下ろし、正式に休部となりました。
