2007年12月、元合衆国上院議員ジョージ・ミッチェル率いる独立調査委員会がまとめた調査報告書、通称ミッチェル報告書とボンズの関与が公表され、球界全体に激震が走りました。数百ページに及ぶ同報告書には80名を超える現役・元MLB選手の名が連なり、球界が長年にわたり薬物の蔓延を黙認・放置してきた暗黒の時代、いわゆる「ステロイド・エラ」の実態が容赦なく暴かれました。その中でもボンズは、スキャンダルの象徴的存在として槍玉に挙げられたのです。
司法の場においても、ボンズは窮地に立たされました。2003年の大陪審で「意図的なステロイド使用を否定した」発言が虚偽であるとして、連邦検察から偽証罪および司法妨害罪で起訴されたのです。法廷闘争は長期化し、バリー・ボンズ 偽証罪 裁判結果は全米の注目を集めました。2011年の第1審では質問に対して曖昧かつ論点をずらした回答を行った点が司法妨害罪と認定され有罪評決を受けましたが、その後の控訴審を経て、2015年に連邦第9巡回区控訴裁判所が司法妨害罪の有罪判決を破棄。最終的にすべての罪状において法的処罰を免れる形で幕を閉じました。
法的には無罪を勝ち取ったボンズでしたが、法廷闘争を通じて流出した血液検査データや関係者の生々しい証言記録は、世論における彼の心証を決定的に悪化させる結果となったのです。
