水上を運航する乗り物である以上、安全性に対する関心は極めて高いテーマです。過去には海外において観光用水陸両用車の浸水・沈没事故が発生した事例もあり、国内の運航各社も安全管理には並々ならぬ体制を敷いています。
国内で旅客運送を行う水陸両用バスは、国土交通省の「小型船舶安全規則」および「道路運送車両法」の双方の厳しい安全基準をクリアしています。船体には浮力体を充填した不沈構造や、自動排水ポンプ（ビルジポンプ）の多重設置が義務付けられており、万一船底に損傷が生じた場合でも即座に沈没しない設計となっています。
また、乗客全員分の小型船舶用救命胴衣（ライフジャケット）の備え付けはもちろん、子ども用サイズも完備されています。気象・海象基準も厳密で、風速・波高・視程が規定値をわずかでも超えた場合は即座に水上運航を中止し、陸上のみのルート変更または運休とする安全最優先のオペレーションが徹底されています。
