エクモを無事に離脱できた後も、長期臥床や鎮静管理に伴う集中治療後症候群（PICS）への対策が不可欠です。重篤な筋力低下や関節の拘縮、認知機能の低下、PTSDなどの精神的後遺症を防ぐため、近年では回路を装着した状態からベッド上での覚醒下リハビリ（awake ECMO）を導入する先進的医療機関が増加しています。
また、これほど高度な医療機器を使用するとなると治療費への不安が生じますが、日本国内においてエクモ治療は公的医療保険の適用対象です。機器の稼働や集中治療室（ICU）での包括的管理には数百万円単位の医療費が発生するものの、患者側の窓口支払額には「高額療養費制度」が適用されます。
一般的な所得水準の家庭であれば、1ヶ月あたりの自己負担上限額はおよそ8万〜10数万円程度（差額ベッド代や食事代等を除く）に抑えられる仕組みが整っており、経済的な理由で治療が断念されるリスクは制度上回避されています。
