おのころ島神社の起源を理解するためには、まず日本神話の宇宙論に踏み込む必要がある。『古事記』上巻に記された国生み神話によると、イザナギノミコト（伊弉諾命）とイザナミノミコト（伊弉冉命）は、天の神々から授かった「天の沼矛（あめのぬぼこ）」を使って混沌とした海をかき回した。その矛の先から滴り落ちた塩が凝り固まって生まれたのが「おのころ島（自凝島）」である。この島に降り立った二柱の神が「天の御柱」を立て、夫婦の契りを交わし、日本の島々を次々と生んでいく——それが日本列島創世の物語だ。
その「おのころ島」伝承の地として最も有力視されてきた場所の一つが、現在のおのころ島神社が建つ南あわじ市の丘陵地帯だ。公式資料や淡路島観光ガイドによれば、神社周辺の三原地域一帯は古事記・日本書紀に登場する「葦原国」とも称され、海辺に葦が繁り五穀豊穣の沃土が広がる理想郷の象徴として描かれてきた。神社西方約800メートルには今もその景観の名残を感じさせる地形が残る。
創建の正確な年代は史料の上では明確にされていないが、地域に伝わる社記や近隣住民の証言を総合すると、少なくとも1000年以上の歴史を持つとされる。中世以降は淡路の豪族や漁民たちの崇敬を集め、縁結び・安産の神としての信仰が定着。江戸時代には「おのころさん」「淡路の縁結び様」として近郊から参拝者が絶えなかった記録が残っている。明治時代の神社整備を経て、現在見られる壮大な社殿・鳥居の形に整えられていった。
