みなと観光バスの路線網は、大きく分けて「六甲アイランド発着の生活・通勤路線」と「神戸三宮・舞子と淡路島を結ぶ高速バス路線」、そして東灘区・灘区内の住宅地を結ぶコミュニティ・シャトル系統で構成されています。
日常の移動の要となっているのが、六甲アイランド内とJR住吉駅、阪急御影駅をダイレクトに結ぶ路線です。六甲ライナーの運行ルートとは異なる独自ルートを走り、島内の各街区やホテル、病院からJR・阪急の主要駅改札近くまで乗り換えなしで直行できる利便性が高く評価されています。
一方、観光やビジネスで注目されるのが淡路島特急線です。神戸三宮(ミント神戸や三宮周辺の指定乗り場)や高速舞子から、淡路島南部の洲本・南あわじ方面をスムーズに繋いでおり、明石海峡大橋を経由する都市間アクセスとして定着しています。公式発表の運行路線図を確認すると、鉄道空白地帯や既存路線がカバーしきれない隙間需要を的確に捉えた設計となっていることが分かります。