新潟駅周辺の高架化事業および駅前広場再編に伴い、かつて親しまれた万代口の頭端式（スイッチバック型）バスターミナルは役目を終え、駅直下に整備された新潟駅バスターミナル乗り場へと完全統合されました。旧来の新潟駅万代口のりば番号（旧3番のりばなど）を記憶しているリピーターほど、現地で迷いやすい構造となっています。
現在、新潟交通が運行する新潟交通佐渡汽船線（路線名：佐渡汽船線）は、駅高架下1階の交通広場内にある「17番のりば」から発着しています。JR新幹線の東改札・西改札を出た後、案内サインに従って1階バスターミナルへエスカレーター等で下りると、万代広場側の東側レーンに位置する17番のりばへスムーズにアクセス可能です。
2026年最新バスダイヤでは、平日・土休日ともに佐渡汽船の船便ダイヤに連動した運行体制が組まれており、直行便および各停便（柳都大橋・朱鷺メッセ経由）が設定されています。乗り場には見やすい電子発車標が設置され、直近の便の経由地や出発時刻が一目で把握できるよう配慮されています。
