一口に喀痰検査と言っても、目的によって「喀痰細胞診（がん検診）」と「喀痰細菌培養・同定検査（感染症検査）」の2種類に大別され、取り扱い手順も異なります。
自治体の肺がん検診で広く行われているのが「喀痰細胞診」です。主にヘビースモーカーに好発する肺門部（肺の太い気道）の扁平上皮がんを早期発見する目的で実施され、通常は3日間にわたって毎日蓄痰する「3日蓄痰法」が取られます。この検査キットには、あらかじめアルコールなどの固定液が入っているケースが多く、採取後は容器を振って液と痰を混和させる指示が出ることが一般的です。
細胞診の判定結果は、クラスI（異常なし）からクラスV（悪性確定）などの分類で示され、クラスIII以上の異型細胞が認められた場合は、気管支内視鏡検査や胸部CT検査などの精密検査へと進みます。
一方、発熱や長引く咳、肺炎、結核が疑われる際に行われるのが「喀痰培養同定検査」です。病原菌を特定して有効な抗生物質を見極めることが目的であるため、容器内は無菌状態になっています。内部の防腐剤は入っておらず、採取後は「速やかに冷蔵庫（2〜8℃）で一時保管」し、できる限り当日中に医療機関へ提出するのが原則です。常温で放置すると、口腔内の雑菌が爆発的に増殖してしまい、真の病原菌が特定できなくなります。
