常陸国出雲大社が歩んだ歴史を紐解くと、そこには日本の宗教界でも極めて稀な「包括宗教法人からの離脱劇」が刻まれています。創建は1992年（平成4年）4月17日。島根県の出雲大社総庁（出雲大社教）から御分霊を正式に鎮座し、「出雲大社常陸分院」としてその歩みを始めました。島根本殿と同一の直線軸上、大国主大神が国譲りの後に御神幸されたとされる東の要衝・茨城の地に社殿が築かれたのです。
転機が訪れたのは創建から22年を経た2014年（平成26年）9月16日でした。当時の常陸分院は、包括団体である宗教法人「出雲大社教」との包括関係を正式に廃止。宗教法人「出雲大社常陸教会」への改称を経て、現在の「常陸国出雲大社」へと看板を掛け替えました。教団内部の記録や当時の関係者証言によると、独立の直接的な引き金となったのは、包括組織が求める伝統的な教条統制・財政管理と、現地が推進しようとした地域密着型の独自展開との間に生じた「方針の不一致」でした。
一般的に、伝統的な神社本庁や教派神道の傘下にある分院・教会は、人事権や財政の上納、儀礼作法の統一において厳格な統制を受けます。しかし笠間の現地指導部は、単なる教条の踏襲にとどまらず、境内での現代アート展示、ガラス工房の誘致、ペット供養の受容など、時代に即した多角的なアプローチを模索していました。この革新的な路線が本庁側の掲げる組織規律と衝突し、最終的に「包括関係の解消による単立化」という決断に至ったのが真相です。
現在、島根の出雲大社側は「当教団とは一切関係がない」旨の告示を出していますが、これは法的な組織関係が完全に断絶している事実を指すものであり、悪意ある対立というよりは、互いの信条を守るための「組織的なバウンダリー（境界線）の明確化」と捉えるのが実態に即しています。
