いくら体に良いとはいえ、無造作に混ぜて食べれば良いというものでもない。菌の活性を最大限に高めるには、いくつかの黄金ルールが存在する。
まず黄金比率は、納豆1パック（約40〜50g）に対して無糖ヨーグルト大さじ2〜3杯（約50g）。ヨーグルトが多すぎると納豆の風味が完全に消え、少なすぎると菌の相乗効果が薄れてしまう。また、温度管理も重要だ。ナットウキナーゼは熱に弱いため、熱々のご飯にかけるのはNG。冷蔵庫から出して少し常温に戻した状態で混ぜ合わせるのが最も効果的だ。食べるタイミングとしては、胃酸が薄まっている食後、特に腸の黄金期と呼ばれる夜の時間帯（夕食時や夕食後）が推奨されている。
