投稿数が増えてくると、不要になったハイライトの整理や、並び順のカスタマイズが必要になってきます。Instagramのハイライト管理には独自の表示ルールが存在します。
ハイライトを削除したい場合、選択肢は「ハイライト丸ごと削除」と「一部の投稿だけを削除」の2通りです。グループごと消したい時は、プロフィール上のハイライトアイコンを長押しして「ハイライトを削除」を選びます。中身の特定の1枚だけを外したい場合は、そのハイライトを再生して該当のコマで右下のメニュー（3点リーダー）を開き、「ハイライトから削除」をタップします。どちらの操作を行っても、非公開のストーリーズアーカイブ自体からデータが消去されるわけではないため、思い出が消える心配はありません。
また、ハイライトの並び順は「ドラッグ＆ドロップ」で自由に入れ替えることができません。プロフィール上では、「新しくストーリーズが追加されたハイライト」または「直近で編集・保存されたハイライト」が一番左（先頭）に移動するという仕様になっています。目立たせたい過去のハイライトがある場合は、そのハイライトの編集画面を開き、何らかの投稿を一度追加して保存するか、タイトルやカバーを微修正して保存をかけることで、意図的に先頭へ押し出すことができます。
