買い出し時に最もトラブルとなりやすいのが、レジでの業務スーパー支払い方法です。近年は全社的にキャッシュレス化が進展しているものの、FC運営企業のレジシステム仕様によって対応状況に顕著な差が存在します。
多くの店舗では業務スーパークレジットカード決済（VISA、Mastercard、JCB、American Express等）が利用可能ですが、一部の中小FC店舗や老舗店舗では「現金のみ」「VISA・MastercardのみでJCB不可」という制限が残っている場合があります。また、PayPayやd払い、楽天ペイといったQRコード決済、Suica・PASMO・iD・QUICPayなどの電子マネーは、対応店舗と非対応店舗が混在しています。
神戸物産グループが提供する独自の電子マネー付きポイントカード「Gyomuca（ギョムカ）」の導入も順次拡大していますが、全店共通のシステムではないため、初めて訪れる最寄り店舗へ行く際は念のため一定額の現金を持参するか、公式店舗検索の「利用可能な決済手段」アイコンを事前に確認しておくことが鉄則です。
