精製水は「純粋で安全な水」というクリーンなイメージが先行するあまり、用途を誤って深刻なトラブルを引き起こすユーザーが後を絶ちません。代表的な2大事故要因が「加湿器への注入」と「コンタクトレンズのケア代用」です。
ネット上の誤った情報で散見されるのが「超音波加湿器に精製水を入れると白い粉（水道水中のカルシウム）が家具につかないからおすすめ」という言説です。しかし、これが精製水のデメリットとして最も警戒すべき落とし穴となります。各家電メーカーの加湿器取扱説明書には「必ず水道水を使用してください」と太字で警告されています。
その科学的根拠こそが、加湿器に精製水を使ってはならない理由に直結します。水道水の残留塩素は、タンク内で雑菌やカビが増殖するのを防ぐ天然の防波堤として機能しています。塩素のない精製水を加湿器のタンクに入れて数日間運転を続けると、水温の上昇とともにレジオネラ属菌や緑膿菌、真菌類が爆発的に繁殖します。超音波式加湿器はこれら病原菌を含んだ微小水滴をそのまま室内に飛散させるため、吸入した住人が「加湿器肺炎（過敏性肺炎）」を発症し、重篤な呼吸不全で緊急入院する事故が医療現場から多数報告されています。
さらに危険極まりない誤用が、コンタクトレンズの洗浄や保存への流用です。薬局で精製水がコンタクトケア用品の隣に陳列されているケースが多いため、「専用の保存液を切らしたから代わりに浸けておく」「洗浄液代わりにこすり洗いする」という利用者が後を絶ちません。しかし、これは失明の危険を孕んだ重大な禁忌行為です。
精製水は涙液と浸透圧が異なるため、レンズに浸透して形状を変形させ、角膜を傷つける要因となります。さらに恐ろしいのが、自然界の水域や水道水、空気中に潜む微生物「アカントアメーバ」の感染リスクです。市販の精製水には殺菌効力が一切ないため、レンズケース内でアメーバが増殖し、角膜に微小な傷から侵入して「アカントアメーバ角膜炎」を発症させます。この感染症は激しい激痛を伴い、角膜の混濁や失明に至るケースが多く、治療も極めて困難を極めます。レンズのすすぎや保存には、必ず承認されたマルチパーパスソリューション（MPS）や規格化された滅菌生理食塩水を使用しなければなりません。
