中西圭三のプライベートに関して、世間の関心が最も高いのが結婚と離婚の経緯です。特に、テレビアニメ『新世紀エヴァンゲリオン』の主題歌『残酷な天使のテーゼ』で世界的な歌姫となった高橋洋子との関係は、当時大きな話題を呼びました。
二人は1998年に結婚。90年代の音楽界を牽引した実力派シンガー同士のビッグカップル誕生として祝福されましたが、わずか2年後の2000年に離婚を発表します。この中西圭三と高橋洋子の離婚理由について、当時の一部週刊誌は不仲説や方向性の不一致を書き立てました。しかし、報道関係者の取材や本人の手記・告白によると、憎しみ合っての破綻ではありませんでした。
最大の要因は、互いに超多忙を極めるトップランナー同士ゆえの「生活リズムの決定的なすれ違い」でした。スタジオワークや地方公演、楽曲制作の締め切りに追われる日々の中で、家庭生活を共有する物理的な時間が奪われ、話し合いを重ねた結果、お互いの音楽活動を最優先するための前向きな解消を選んだとされています。離婚後も互いの音楽的才能を尊重し合うプロ同士の距離感を保ち続けています。
その後、中西圭三は2007年に一般女性と再婚を果たしました。この中西圭三の再婚相手は、エンターテインメント業界への理解が深い一般女性と報じられており、プライベートを過度に公表することなく中西を静かに支えています。再婚後には中西圭三の子供（男児）が誕生。愛息の成長を見守る父親としての経験は、前述した『ぼよよん行進曲』をはじめとするファミリー向け楽曲の情感や、子どもたちの心に寄り添う温かなステージ演出に深い影響を与えています。
