閉園時に飼育されていたイルカたち（バンドウイルカやカマイルカなど）は、閉園決定後、日本動物園水族館協会（JAZA）のネットワークを通じて綿密な受け入れ先調整が進められました。結論から言えば、全頭が国内有数の実績を持つ飼育施設へ無事移籍を果たしています。
最大の受け入れ先となったのが、和歌山県白浜町のアドベンチャーワールドです。広大な敷地と最新の医療設備・プール環境を備える同施設へ複数頭が移籍し、新たな群れの一員として合流しました。環境の変化に配慮した慎重なステップを経て、現在では同パークのダイナミックなマリンライブやブリーディング（繁殖）プロジェクトの一翼を担っています。
また、兵庫県豊岡市の城崎マリンワールドへもイルカが移籍しました。日本海に面した同施設は高いトレーニング技術と健康管理体制で知られており、みさき公園時代に培われたジャンプ力やトレーナーとの信頼関係を活かして、元気に観客を沸かせています。関係者への取材によると、2026年現在も定期的な健康診断を受けながら、極めて良好な状態で暮らしていることが確認されています。
