一見して利便性の高い代理受領ですが、現場では事務ミスや契約不備によるトラブルが後を絶ちません。最も初歩的かつ致命的なミスが代理受領の口座名義に関する注意点です。登録事業者の登記簿上の法人名と、振込指定口座の名義（カナ表記のスペースの有無、代表者役職名の記載漏れなど）に1文字でも差異があると、公金振込システムでエラーが発生し、交付が数カ月単位で遅延します。
さらに深刻なのが代理受領にまつわる返金トラブルです。工事完了後に自治体の現地調査で規定違反が発覚し、補助金の不交付が決定した場合、事業者は「値引き」ではなく「未払い代金」として利用者に全額の請求を起こします。契約書上の特約条項（「補助金が不支給となった場合の自己負担義務」）を巡る争いは、国民生活センター等にも多数寄せられている現実があります。
また、確定申告を行う層が見落としがちなのが代理受領と確定申告の医療費控除の関係です。国税庁の定めに従い、医療費控除やセルフメディケーション税制を適用する際、代理受領によって補填された公的給付金は「支払った医療費の総額」から差し引かなければなりません。自己負担分のみを計算に組み込む必要があり、総額で控除申告を行うと過少申告加算税の対象となるため厳重な管理が欠かせません。
