總持寺の起源は、元亨元年（1321年）、瑩山禅師が能登半島（現在の石川県輪島市門前町）の「諸岳寺」を定脈禅林の道場に改め、「總持寺」と名付けたことに始まります。後醍醐天皇より勅願寺に定められるなど隆盛を誇りましたが、明治時代に大きな転機が訪れます。
1898年（明治31年）の大火により、境内の主要な建物の大半が焼失。この危機に際し、当時の独住第三世・西有穆山禅師（にしありぼくざんぜんじ）らは、単なる復興にとどまらない英断を下します。急速に近代化が進む日本において、首都東京に近く、国際港を有する横浜・鶴見への本山移転を決断したのです。1911年（明治44年）に移転遷座式が執り行われ、鶴見の地に巨大な伽藍が築かれました。
一方、発祥の地である能登の境内は「總持寺祖院（そいん）」として再建され、今なお根本の霊場として尊崇されています。2024年の能登半島地震では祖院の建物群も甚大な被害を受けましたが、全国の寺院・門信徒の支援のもとで着実な復旧・復興作業が進められています。鶴見の大本山と能登の祖院は、過去と現在をつなぐ強い絆で結ばれています。
