中学校生活を左右する大きな物理的要因が、藤ヶ岡中学校の学区・通学区域と立地条件です。指定学区は主に「藤が岡1〜3丁目」「大鋸の一部」「柄沢の一部」など、藤沢駅北口から少し離れた高台の住宅地が中心となっています。
入学者の大半を占めるのが藤沢市立藤が岡小学校の卒業生です。一部、大鋸小学校などの指定地域からも進学してきますが、基本的には同一の小学校コミュニティがベースとなるため、入学直後から生徒同士の顔見知りが多く、中1ギャップによる人間関係の孤立が起きにくい構造を持っています。小中一貫教育の取り組みとしても、教員同士の相互参観や合同研修が定期的に実施され、学力の接続が図られています。
一方で、保護者が事前に把握しておくべき最大の懸念点は「通学路のアップダウン」です。学校が高台（丘の上）に位置しているため、学区のどのエリアから登校する場合でも急な坂道や階段の上り下りが避けられません。特に夏場の登下校や部活動道具を持った移動は生徒にとって体力を要します。毎日の登下校が基礎体力の向上に寄与しているという肯定的な見方がある半面、悪天候時の安全性には家庭内での注意喚起が欠かせません。
