阪和線のダイヤ乱れは、単なる偶然ではなく線路配線や運用形態に根ざした構造的な課題によって引き起こされています。日常的に利用する中で感じる「また止まった」という印象の裏には、主に以下の4つの決定的な理由が存在します。
第1の要因は、大阪環状線との直通運転による広域ダイヤの連鎖です。関空快速や紀州路快速をはじめとする直通列車は、大阪環状線を経由してJRゆめ咲線や大和路線とも密接にリンクしています。大阪環状線内でわずか2〜3分の遅れが生じると、過密な合流地点である天王寺駅で阪和線の後続列車が次々と影響を受け、線内全体へと遅延が波及します。
第2に、日根野駅で行われる「関空快速・紀州路快速」の連結・切り離し作業が挙げられます。前4両が関西空港行き、後ろ4両が和歌山行きといった分割併合を行うため、どちらか一方の系統（関西空港線または和歌山方面の阪和線地上区間）でトラブルが発生すると、もう一方の列車も駅で待機を余儀なくされ、上下線ともにダイヤが縛られてしまいます。
第3の要因は、地上区間に残る踏切の多さと「踏切安全確認」の頻発です。天王寺〜杉本町駅間など一部区間の高架化は完了しているものの、堺市以南を中心に依然として多数の踏切が存在します。自動車の立ち往生や無理な横断による非常ボタン作動、遮断桿（しゃだんかん）破損などが起きると、安全確認が完了するまで全列車の運行がストップします。
第4に、沿線環境と突風・飛来物による影響です。阪和線は大阪平野から和泉山脈を越えて和歌山へと抜けるルートを走るため、台風や春一番などの強風時には、関西空港連絡橋の速度規制や沿線からの飛来物撤去作業が重なり、運転見合わせへと発展しやすくなります。
