大根のつまを食べる際に唯一懸念されるのが「衛生面」の問題です。スーパーの鮮魚コーナーや大衆居酒屋のつまに対して、安全性を疑問視する声も一部で見受けられます。
食品衛生管理の現場において、市販のカット大根やつまは、次亜塩素酸ナトリウム水溶液やオゾン水などによる厳格な殺菌洗浄を経て出荷されており、製造工程自体は極めて衛生的です。大手スーパー各社も徹底した温度管理のもとでパック詰めを行っています。
しかし、注意すべきは「刺身から染み出たドリップ（体液）」です。時間の経過とともに魚から出た血液や脂、特有の生臭さは大根のつまに吸収されます。つまの役割の一つに「余分な水分を吸い取って刺身の鮮度を保つクッション」があるため、赤く変色してドリップを吸い切ったつまは、雑菌の温床になりやすく風味も大きく損なわれています。このような状態のものは無理に生で食べず、残すか加熱調理に回すのが賢明な判断です。
