誤解を解いた上で見つめ直すと、藤子・F・不二雄ミュージアムには他の商業施設では絶対に味わえない圧倒的な見どころが凝縮されています。
筆頭に挙げられるのが、約5万点に及ぶ膨大な収蔵原稿から厳選される直筆原画の展示です。修正液の跡、青鉛筆で残された指定の線、ペンの太さの強弱、トーンの貼り方など、印刷されたコミックスでは決して視認できない「巨匠の手仕事の痕跡」をガラス越し数センチの至近距離で目撃できます。藤子・F・不二雄氏が掲げた「SF（すこし・ふしぎ）」の世界観が、どのような試行錯誤から生み出されたのかを追体験できる空間は、大人の漫画ファンや表現を志す人々にとって鳥肌が立つほどの感動をもたらします。
さらに、館内の「Fシアター」でしか上映されない完全オリジナル短編アニメーションも必見です。ここでしか見られない他作品キャラクター同士の夢のコラボレーション（『ドラえもん』と『パーマン』や『キテレツ大百科』の共演など）は、往年のファンならずとも胸が熱くなるクオリティです。入場時に配られる専用のオリジナル絵柄入場キップ（1人1回限り有効）を使って鑑賞する体験も、記念としての価値を高めています。
屋上の「はらっぱ」に出れば、緑豊かな空間に「どこでもドア」「土管のある空き地」「ピー助の池」などが実物大スケールで再現されており、物語の世界に没入した記念写真の撮影が楽しめます。建物全体が藤子作品への敬意と愛で隅々まで設計されており、細部（案内板のピクトグラムやトイレの標識、手すりの意匠など）に仕掛けられた小ネタを探すだけでも知的な興奮が止まりません。
