施設を訪れる上で最大のボトルネックとなるのが、駐車場混雑とアクセス経緯にまつわるトラブルです。敷地内には約2,400台という広大な駐車スペースが用意されているものの、週末や祝日の混雑状況とピーク時間（特に11:30〜14:30、および夕方の16:30〜18:00）には、周辺道路を含めて激しい渋滞が発生します。
この渋滞を引き起こす構造的要因の一つが、施設北側および西側の主要交差点における「右折進入待ち」です。特に県道414号線側から進入しようとする車列が右折レーンを塞ぎ、直進車の流れまで滞らせる現象が常態化しています。地元ドライバーの間で徹底されている回避策は、あらかじめ南側のルートへ迂回し、左折のみで立体駐車場へアプローチする進入動線の選択です。また、店舗入口に近い1階平面駐車場にこだわらず、最初から4階立体駐車場や屋上駐車場を目指すことで、入出庫にかかるロスタイムを20分以上短縮できるケースが多々あります。
公共交通機関を利用する場合、JR身延線の富士宮駅南口から屋根付きのペデストリアンデッキを渡れば徒歩3分ほどでモール2階入口へ直接到達できます。雨天時でも傘を開かずに移動できる設計は、近隣商業施設にはない強力なアドバンテージです。なお、富士宮駅前バスターミナルからは白糸の滝方面や新富士駅方面への路線バスが発着していますが、富士宮駅 イオンモール富士宮 バス時刻表を気にするまでもなく、鉄道駅からの徒歩アクセスが最も確実で渋滞の影響を受けない選択肢となっています。
