薬王院の本堂で毎日執り行われる護摩祈祷（御護摩修行）は、参拝時に体験すべき重要な神事です。山伏の吹き鳴らす法螺貝の重低音が本堂内に響き渡る中、大導師が燃え盛る護摩の炎に護摩木を投じ、諸願成就を祈願します。
護摩祈祷は午前・午後を含めて1日に複数回厳修されており、当日の受付でも昇殿参拝が可能です（受付は各祈祷開始の20〜30分前まで）。炎が立ち上る迫力の光景と僧侶たちの読経の力強さは、参拝者の雑念を一掃する清浄なエネルギーに満ちています。
また、授与所で拝受できる御朱印も高い人気を誇ります。飯縄大権現の墨書と宝印が押された基本の御朱印に加え、季節の特別御朱印や天狗がデザインされたオリジナルの御朱印帳も用意されています。お守りに関しても、天狗の団扇を模した「開運うちわ守」や、災いを断つ「天狗の剣守」、足腰の健康を祈念する「健脚守」など、修験道の霊場ならではの授与品が揃っています。
