事故が起きた現場は、琵琶湖の南端に近い滋賀県大津市大萱6丁目の県道と市道が交わる変則的な丁字路交差点でした。レイキッズ保育園の園児13名(2〜3歳児)と引率の保育士3名は、琵琶湖沿いの緑地公園へ向かう朝の散歩の途中で、横断歩道の手前にある歩道上の安全スペースに整然と待機していました。
散歩の隊列は完璧な安全管理のもとにありました。園児たちは手をつなぎ、保育士は道路側に立ち、信号が青に変わるのを車道から十分に離れた位置で待っていました。しかし、その日常を一瞬で引き裂いたのが、交差点内で発生した乗用車同士の衝突でした。
対向車線から右折しようとした乗用車が、対向車線を直進してきた軽乗用車と衝突。その衝撃で進路を急激に変えられた直進軽乗用車が、歩道上で信号待ちをしていた園児たちの列へと猛スピードで押し出されたのです。園児たちは逃げる間もなく車体の下敷きとなり、現場は阿鼻叫喚の惨状と化しました。直ちに救急搬送されたものの、2歳の男児と女児が命を落とし、重篤な頭部外傷や骨折を含む重軽傷者が続出する大惨事となりました。