ポケモンセンターキョウトを訪れる最大の動機とも言えるのが、店舗限定で展開されているオリジナルグッズの数々です。オープン当初から象徴的な存在となっている「舞妓はんピカチュウ」のぬいぐるみ・マスコットは、華やかな着物姿と番傘を携えた愛らしいデザインで、日本人ファンのみならずインバウンド観光客からも絶大な支持を集めています。
店内には伝説のポケモン「ホウオウ」とピカチュウが並び立つ豪華なモニュメントが鎮座し、京都の伝統美を感じさせる空間が広がっています。和柄の巾着、八ッ橋などの限定銘菓、扇子や風呂敷といった京都ならではの実用的なお土産アイテムも充実。限定記念グッズの評判は非常に高く、ネットのクチコミでも「京都旅行の記念として外せない」と絶賛されています。
ただし、限定グッズは時期によって品切れが発生しやすく、特に舞妓はんピカチュウのぬいぐるみは再入荷直後に購入制限（1人あたりの点数制限）が敷かれるケースが一般的です。確実に入手したい場合は、公式スタッフボイスやSNSでの入荷速報をこまめに確認することが鉄則です。
