琵琶湖線を利用する上で避けて通れないのが、時折発生する列車の遅延です。JR西日本のアーバンネットワークは広範囲で相互直通運転を行っているため、他エリアのトラブルが琵琶湖線へ波及しやすい構造になっています。
主な遅延要因としては以下のケースが挙げられます。
・強風・気象障害：比良山地からの強風（比良おろし）による湖西線の運転見合わせに伴う迂回・接続乱れ
・踏切安全確認・車両トラブル：東海道本線・山陽本線全域での突発的な確認作業による直通列車の遅れ
・異物混入・動物との接触：郊外区間におけるシカ等の野生動物との接触事故
移動前やトラブル発生時は、JR西日本の公式アプリ「WESTER」や公式サイトのJR琵琶湖線の運行状況（現在）をリアルタイムで確認するのが確実です。また、春のJRグループダイヤ改正に伴う最新時刻表も同アプリからワンタップで照会できるため、日常的な利用において重宝します。
