天然温泉平和島を利用する上で、知っておくべき「3つの盲点」が存在します。
第1に、羽田空港フライトプランの予約枠は当日飛び込みでは取れないケースが多いという点です。空港送迎バスの乗車定員には道路運送法に基づく厳格な上限があるため、Web予約枠が完売している場合、深夜パックで施設内に滞在できても早朝バスには乗車できず、早朝タクシー（施設から空港まで約4,000円〜5,000円）を手配せざるを得なくなります。
第2に、「宿泊施設」ではなくあくまで「温浴施設の深夜滞在」であるという法的な位置付けです。完全施錠できる個室やベッドは用意されておらず、貴重品は暗証番号付きロッカーで自己管理する必要があります。
第3に、ビッグファン平和島全体の営業時間とのズレです。深夜・早朝時間帯は複合施設内の他テナント（ボウリング場やドン・キホーテなど）の出入口が一部制限されるため、深夜の入退館時には所定の夜間専用ルートを通行する必要があります。
