仏壇の前に小机や専用の祭壇を組む場合、標準的な段組みは「三段飾り」となります。各段には厳格な意味付けがあり、適当に並べてよいものではありません。曹洞宗精霊棚の配置における基本構造は以下の通りです。
まず棚全体に白い布を敷き、その天板部分に真菰マット敷き方の作法に従ってゴザを敷きます。真菰には編み始めと終わりの向きがありますが、一般的に「穂先側を奥、手前側を根元」に向けて敷くのが清浄を保つ作法とされています。
曹洞宗位牌の置き場所は、最上段の中央です。仏壇の扉を開けて仏壇内部のご本尊（釈迦如来）が見える状態にし、仏壇からご先祖様の位牌をすべて精霊棚の最上段へ移動させます。先祖代々の位牌を中央に、亡くなった年次が古い順に右・左へと並べていくのが順路です。
中段から下段にかけては、盆棚お供え物の並べ方に則り、季節の恵みと清浄な供養具を配置します。
- 上段：ご先祖様の位牌、十三仏の掛け軸（掛ける場合）
- 中段：精霊馬・精霊牛、水の子（蓮の葉の上）、閼伽水、生花、季節の果物・野菜、精進料理を供える霊供膳（りょうぐぜん）
- 下段（または手前の経机）：香炉、線香立て、おりん、ろうそく立て、マッチ・ライター
ここで特有の作法となるのが、水の子蓮の葉作り方と閼伽水洗米の供え方です。水の子は、ナスとキュウリをさいの目に細かく刻み、洗った生米（洗米）と均等に混ぜ合わせたもの。これを生の蓮の葉（手に入らない場合は里芋の葉や蓮の葉を模した紙皿）の上に盛り付けます。これは飢餓に苦しむ餓鬼道（がきどう）の精霊やすべての無縁仏に施しを行う「施餓鬼（せがき）」の精神に基づいています。
水の子の脇には、清水を入れた器（閼伽水：あかすい）と、ミソハギの花（または杉の葉）を数本束ねたものを添えます。お参りをする際、このミソハギの束に閼伽水を浸し、水の子の上に数滴振りかけるのが曹洞宗の伝統的な所作です。
また、ナスとキュウリに割り箸を刺して作る乗り物についても、精霊馬精霊牛の向きには明確な決まりがあります。お迎えする8月13日（7月13日）は「早く帰ってきてほしい」という願いを込めて足の速いキュウリの馬を棚の内側（仏壇側）へ向けます。お見送りする16日は「名残を惜しみ、多くの供物を乗せてゆっくり帰ってほしい」という意味から、歩みの遅いナスの牛を棚の外側（部屋の出口・玄関側）へ向けて配置を切り替えます。
