コストパフォーマンスの観点で「えきねっと スマートEX どっちがお得なのか」という問いに対しては、対象区間ごとの割引メニューを比較する必要があります。両社はそれぞれ独自の早割商品を展開しており、割引構造が大きく異なります。
えきねっとの代名詞とも言えるのが「新幹線eチケット（トクだ値）」です。乗車券と特急券が一体となったチケットレス商品で、列車・席数・区間限定で提供されています。えきねっと トクだ値 割引率は通常「トクだ値1（前日まで）」で5％〜10％割引、「トクだ値14（14日前まで）」で30％割引、時期限定の特別キャンペーン「お先にトクだ値スペシャル」では50％割引という破格のディスカウントが設定されます。例えば東北新幹線の東京〜仙台間（はやぶさ指定席：通常11,410円）であれば、トクだ値14の適用で7,980円程度まで抑えることが可能です。
一方、スマートEXでは「EX早特」シリーズが主要な割引メニューです。スマートEX EX早特 料金比較を行うと、乗車日の21日前まで予約可能な「EX早特21ワイド」では、東京〜新大阪間の「のぞみ」普通車指定席（通常期14,720円）が約12,000円台前半（時期により変動、約2,000円以上の割引）で確保できます。さらに土休日限定の「EX早特7」や「EXのぞみファミリー早特」など、利用シチュエーションに応じた細やかな早期割引が用意されています。
ただし、日常的な直前予約においては価格差の性質が反転します。スマートEXは当日予約であっても窓口価格より一律200円引きが適用されますが、えきねっとで東海道新幹線を予約した場合は割引が一切なく、定価での購入となります。目的地が自社管内であればえきねっとの「トクだ値」が圧倒的優位に立ちますが、東海道・山陽新幹線を移動する場合はスマートEX以外の選択肢はお得になり得ません。
