忍術学園の外の世界には、敵対しながらも時に共闘する魅力的なプロ忍者集団や武力勢力が存在します。彼らの存在が物語にリアリティと奥行きを与えています。
ドクタケ忍者隊：愛すべき悪役から冷徹な軍団まで
忍術学園の永遠のライバルであるドクタケ城。木野小路装備率いる忍者隊は、ドジでコミカルな面が目立ちますが、本質的には冷酷な戦国武力組織です。
- 稗田八方斎（CV：飯塚昭三→間宮康弘）：ドクタケ忍者隊首領。巨大な頭部を持ち、大笑いすると頭の重さで後ろにひっくり返るギャグキャラクター。しかし謀略家としての顔も持ち合わせています。
- 風鬼（CV：笹岡繁蔵→大友龍三郎）：八方斎の右腕。息子のふぶ鬼を忍術学園に通わせるなど、良き父親としての一面が描かれます。
兵庫水軍：瀬戸内を駆ける海の海の男たち
乱太郎たちと深い親交を結ぶ海賊集団。陸での忍術とは異なる船上戦闘や水泳術に特化しています。
- 第三協栄丸（CV：塩屋浩三）：兵庫水軍の総帥。豪快ながらカナヅチで船酔いしやすいという致命的な弱点を持つ愛され頭領。
- 鬼蜘蛛丸（CV：岩田光央）：水軍の切り込み隊長。陸の上では船酔いならぬ「陸酔い」を起こしてふらふらになる体質。
- 義丸（CV：山崎たくみ）：水軍の切り込み隊副隊長。鉤縄（かぎなわ）の名手で、冷静沈着なイケメン海賊。
- 蜉蝣（CV：中村大樹）：船の操舵を一手に引き受けるベテラン水夫。
タソガレドキ城忍者隊：圧倒的実力を誇るプロフェッショナル集団
戦国大名・黄昏甚兵衛に仕える精鋭忍者隊。感情に流されず任務を遂行するプロ中のプロ集団ですが、忍術学園の生徒たちには独特の敬意と情を見せます。
- 雑渡昆奈門（CV：森久保祥太郎）：タソガレドキ城忍び組頭。過去の火災により全身に包帯を巻いた不気味な姿ながら、部下思いで圧倒的な戦闘力を誇る。保健委員長の善法寺伊作を手当の恩人として慕っています。
- 諸泉尊奈門（CV：代永翼）：雑渡の側近を務める若手忍者。プライドが高く、土井半助をライバル視して幾度となく勝負を挑みます。
- 山本陣内（CV：高口公介）：雑渡を支えるベテラン忍者。変装術を得意とします。
