ストレートパーマ（ストパー）と縮毛矯正の最大の違いは、施術工程の中に「特殊な高温アイロンを用いた熱処理」が含まれているかどうかという点に集約されます。どちらも毛髪内部の結合を一時的に切断し、再結合させる化学変化を利用しますが、熱変性を加えるか否かで得られる効果は根本から異なります。
毛髪の主成分であるケラチンタンパク質は、「シスチン結合」と呼ばれる強固なアミノ酸の鎖によって形状が保たれています。美容院で行うストレート施術では、まず1剤（還元剤）を塗布してこのシスチン結合を化学的に切り離します。
ストレートパーマの場合、1剤で結合を解いた後、シャンプー台で薬剤を流し、コーミング（クシでとかす作業）で髪をまっすぐに整えた状態のまま2剤（酸化剤）を塗布して再結合させます。つまり、薬剤の力とコーミングのテンションのみで形状を固定するため、人工的にあてたパーマを元に戻す「パーマ落とし」や、軽度のボリュームダウン効果に留まります。生まれつきの強いくせ毛や波状毛の形状を根本から変える力はありません。
一方、縮毛矯正では、1剤でシスチン結合を切断して洗い流した後、髪を完全に乾かしてから約160℃〜180℃の専用ヘアアイロンで髪を挟み、熱とプレス圧を加える熱処理工程が入ります。この熱処理によって、毛髪内部の歪んだタンパク質を平らな板状に再配列（熱変性）させます。その後、2剤を作用させて再結合させることで、どれほど頑固なくせ毛であっても直毛の状態へと完全に固定します。
