新宿駅の構内は再開発工事に伴って通路や改札位置が頻繁に更新されていますが、JR線のみどりの窓口が常設されている主要拠点は「東口」および「南口」の2か所です。
それぞれの正確な位置関係と営業時間は以下の通りです。
■ 新宿駅 東口みどりの窓口
・場所：地下1階 東口改札を出てすぐ左手（ルミネエスト新宿地下入口付近）
・営業時間：7:00 〜 20:00
歌舞伎町方面や東京メトロ丸ノ内線・西武新宿線方面からのアクセスに優れており、朝の通勤時間帯から多くの利用者が訪れます。
■ 新宿駅 南口みどりの窓口
・場所：地上2階 南口改札を出て右手すぐ（小田急線連絡口・バスタ新宿方面通路沿い）
・営業時間：6:00 〜 22:00
新宿駅構内で最も営業時間が長く、早朝や夜間の新幹線・特急券手配にも対応しています。高速バスターミナル「バスタ新宿」との連絡動線上にあるため、旅行客の利用比率が高いのが特徴です。
なお、新南改札方面に位置する「JR東日本訪日旅行センター（JR East Travel Service Center）」は、主に訪日外国人観光客向けのパス引き換えや案内を専門に行っており、一般の国内乗車券購入窓口とは運用が分かれているため注意が必要です。かつて西口地下に存在していた大規模窓口は、西口再開発事業に伴い指定席券売機コーナーへと集約されています。
