公衆衛生政策の実務において、意思決定プロセスの構造も大きな相違点となった。制度上、緊急事態宣言の発令主体は内閣総理大臣であり、国が全体的なリスク評価を行って判断を下す。
対して、まん延防止等重点措置は都道府県知事からの要請を受けて国が指定を行い、どの市区町村を対象エリアにするか、どのような具体的制限を課すかという実務的裁量は知事に委ねられていた。地域事情に応じた機動的な対策を打てるメリットがあった半面、自治体境をまたぐ人流抑制において知事ごとのスタンスの差が浮き彫りになる場面も少なくなかった。
当時、尾身茂氏をはじめとする専門家組織は科学的知見から早期の強い介入を提言し続けたが、経済的打撃を危惧する中央政府と、医療崩壊を目前にした自治体首長との間で、発令のタイミングや解除基準を巡る激しい駆け引きが繰り広げられた。
