どれほど優れた食材であっても、食べ方を誤ればその効果は半減してしまう。二つの発酵食品が持つポテンシャルを最大限に引き出すためには、いくつかの科学的なコツを押さえる必要がある。
まず意識したいのが「温度」と「食べる時間帯」だ。納豆に含まれる酵素や乳酸菌は熱に弱いため、熱々の白米の上に直接ヨーグルト納豆を乗せるのは避けたほうが賢明だ。人肌程度のぬるま湯や常温に近い状態で摂取するのが望ましい。また、食べるタイミングとしては「夕食後」が最も推奨される。胃酸の分泌が落ち着いている食後に摂ることで、菌が死滅せずに無事大腸まで届きやすくなるからだ。さらに、夜間の腸のゴールデンタイム（消化吸収が活発になる時間帯）に善玉菌を届けることで、翌朝のすっきりとしたお通じへと繋がりやすくなる。
