民間運営の大規模水族館では入場料が2,000円〜3,000円を超える施設も珍しくない昨今において、姫路市立水族館の入館料は大人600円、小・中学生260円、幼児（就学前）無料という破格の公営料金を維持しています。このコストパフォーマンスの高さこそが、リピーターを生み出し続ける決定的な強みです。
さらに各種手帳保持者に対する減免制度に加え、姫路市内の小中学生には「どんぐりカード」「ひめっこ手帳」などの提示で無料になる地域還元策も用意されています。近郊にお住まいで年に3回以上訪れる予定があるなら、大人1,550円、小・中学生650円の年間パスポートを購入するのが断然お得です。購入したその日から1年間何度でも入館可能となるため、公園の散歩がてら気軽に立ち寄る地元ファンも多く見られます。
営業時間は9:00〜17:00（最終入館は16:30）で、休館日は毎週火曜日（祝日の場合は翌平日）および年末年始（12月29日〜1月1日）となっています。連休や春休み・夏休み期間は火曜日でも臨時開館する場合があるため、訪問前に公式サイトの開館カレンダーをチェックしておくと確実です。
