風邪をひいたときに抗生物質が効かない最大の理由は、病気を引き起こしている病原体の種類にあります。医学的に「かぜ症候群（急性上気道炎）」と呼ばれる病態の約80〜90％はウイルス感染によるものです。代表的なものとしてライノウイルス、コロナウイルス（風邪の従来型）、RSウイルス、アデノウイルスなどが挙げられます。
ここで知っておくべき決定的な事実が、「ウイルス」と「細菌」は生物学的にまったく異なる構造を持つという点です。
細菌は一つの細胞構造を持ち、自らの力で細胞壁やタンパク質を合成して分裂・増殖します。抗生物質（抗菌薬）は、この「細菌の細胞壁を破壊する」「細菌特有のタンパク質合成を阻害する」といった特定の仕組みを狙い撃ちして攻撃する薬です。
一方、ウイルスは細胞を持たず、タンパク質の殻の中に遺伝子（DNAまたはRNA）が入っているだけの極めて微小な構造体です。自力で増殖することはできず、ヒトの細胞内に侵入（寄生）して細胞の機能を利用しながら増殖します。そもそも抗生物質が攻撃対象とする細胞壁や独自の代謝系が存在しないため、どれほど強力な抗生物質を投与してもウイルスには作用しません。
「抗生物質を飲めば熱が下がる、喉の痛みが和らぐ」と誤解されがちですが、抗生物質自体には解熱作用も鎮痛作用もありません。風邪をひいたときに抗生物質を飲むのは、火を消すために油を注ぐような的外れなアプローチであり、医学的なメリットは皆無です。
