萩・石見空港の基幹路線となっているのが、全日本空輸（ANA）が運航する東京（羽田）線です。ビジネス・観光の双方に配慮されたスケジュールでダイヤが組まれています。
羽田発・萩・石見着便は午前と夕方の1日2往復が基本ダイヤとして定着しており、首都圏から午前便を利用すれば、昼前には山陰エリアに降り立ち、その日の午後からたっぷり現地観光や商談を行うことが可能です。飛行時間は片道およそ1時間35分〜1時間45分となっており、新幹線と特急を乗り継いで5時間以上かかる陸路ルートと比較して圧倒的な時間短縮を実現しています。
萩・石見空港を語る上で欠かせないのが、全国初の試みとして導入された「搭乗率保証制度」の存在です。これは、一定の目標搭乗率（または利用者数）を下回った場合に自治体が航空会社へ損失補填を行う一方、目標を上回った場合には航空会社から自治体へインセンティブが還元される仕組みです。
地元自治体や経済界が一体となった利用促進運動が功を奏し、近年では安定した搭乗実績を記録し続けています。観光シーズンや連休期間には機材の大型化や臨時増便が設定されるケースもあり、利用を検討する際はANA公式サイトの最新空席照会で期間ごとの運航スケジュールを確認することが確実です。
