発売当初の『スーパーボンバーマン R』に対するユーザー評価は、決して手放しで称賛できるものではありませんでした。特に問題視されたのが、入力の入力遅延（レスポンスの鈍さ）や斜め視点による距離感の掴みにくさ、そしてオンライン対戦時のラグです。ネット上では一時「クソゲー」といった過激な言葉で揶揄される場面も見受けられました。
しかし、コナミの対応は極めて迅速かつ誠実でした。発売直後から継続的な無料大型アップデートを実施し、フレームレートを従来の30fpsから60fpsへ向上させる劇的なパフォーマンス改善を達成。操作遅延が解消されただけでなく、カメラアングルを固定できる設定が追加され、昔ながらのクラシックな2D見下ろし視点で快適にプレイできるようになりました。
この一連のアップデートによってスーパーボンバーマンRの評価は一変し、「歴代最高峰の手触りを持つボンバーマン」へと見事な復活劇を遂げました。現在流通しているバージョンでは初期の不満点はほぼ解消されており、安心して手に取れるクオリティに仕上がっています。
