上智福岡中学校・高等学校を志望する最大の動機のひとつが「上智大学への進学ルート」です。教育連携校である同校には、学校推薦型選抜（カトリック高等学校対象特別入学試験など）を通じて、上智大学のほぼ全学部にまたがる約70〜80名規模の推薦枠が割り振られています。
ただし、ここで多くの保護者が誤解しがちなのが「入学さえすれば自動的に上智大学へ進学できる」という幻想です。推薦資格を得るためには、高校3年間の全体の学習成績の状況（評定平均）4.0以上（学部学科によって異なる）の維持や、英検2級〜準1級相当以上の外部英語検定スコアが厳格に求められます。
実際には、生徒全員が上智大学を目指すわけではありません。学内の上位層には九州大学や京都大学などの難関国公立大学、あるいは国公私立の医学部医学科を一般受験で目指す生徒も多数存在します。結果として、「上智大学という確固たる選択肢を視野に入れつつ、他大学にも果敢に挑戦できる」という心理的セーフティネットが同校の大きな強みとなっています。
