三輪神社の正面に立つと、まず目を奪われるのが独特の形状をした鳥居です。本鳥居の両脇に小規模な鳥居が連なるこの構造は「三ツ鳥居（みつとりい）」、あるいは三輪鳥居と呼ばれ、奈良の大神神社に起源を持つ極めて神聖かつ珍しい建築様式です。
この三ツ鳥居には古くから伝わる正式な作法があり、正しい順序でくぐり抜けることで「神様からのご利益が3倍になる」と言い伝えられています。参拝時の手順は以下の通りです。
まず本鳥居の正面で一礼し、中央をくぐって左の小鳥居を外側からくぐり抜け、再び中央を通って右の小鳥居をくぐるという、いわば「8の字（無限大）」を描くように回ります。最後に中央の本鳥居の前で一礼して本殿へと進みます。この丁寧な所作を経ることで、日々の雑念が祓われ、清らかな心で祈願に臨むことができると参拝者から尊ばれています。
また、境内にそびえる御神木「縁結びの木」の存在も、三輪神社の縁結びの噂の真相を裏付けています。樹齢数百年のクスノキに手を当てて静かに深呼吸をすると、良縁に恵まれるという言い伝えがあり、恋愛成就のみならず人間関係の好転を願う人々が後を絶ちません。
