「放課後の魔術師」という禍々しい仮面の下に隠されていた犯人の正体は、不動高校で長年教壇に立ち、温厚で生徒思いのベテラン教師として信頼を集めていた物理教師・的場勇一郎（まとば ゆういちろう）です。
事件の発端は、不動高校の木造旧校舎解体計画でした。ミステリー研究会の会長である桜樹るい子が、旧校舎にまつわる「開かずの生物室」「手首が這い回る印刷室」「血染めの井戸」といった『学園七不思議』の謎を解き明かしたと宣言したことから、血塗られた連続殺人の幕が上がります。
的場が教え子たちを手にかけた動機は、怨恨や衝動的な狂気ではありません。すべては30年前に自身が加担した国家・大学病院レベルの凶悪な犯罪を永久に隠蔽するためでした。当時、旧校舎の建設現場では、未承認の抗がん新薬を用いた非人道的な人体実験が行われており、副作用で死亡した6名の患者の遺体が、事件の発覚を恐れた関係者によって校舎の壁や時計台、井戸の中へ塗り込められていたのです。
当時若き助手・共犯者として遺体遺棄に手を染めていた的場は、旧校舎が取り壊されれば壁中の白骨死体が白日の下に晒され、自らの社会的地位と平穏な人生が崩壊することを恐れました。そこで的場は、遺体の埋められた7箇所の禁忌をカモフラージュするために自ら「学園七不思議」の怪談を創作・流布し、旧校舎へ人が近づくのを防ぎ続けていたのです。しかし、七つ目の謎である「壁の遺体」に近づいた桜樹るい子、そしてポスターの裏の隠し穴に気づいた尾ノ上貴裕を口封じのために無残に抹殺しました。
