神足小学校を卒業した児童の多くは、指定通学区域である長岡京市立長岡中学校へと進学します。一部、私立中学校や国公立中高一貫校への受験進学者も存在しますが、大多数が長岡中学校へ進み、近隣小学校（長岡第九小学校など）の卒業生と共に新たな集団生活をスタートさせます。
小学校から中学校への接続（小中連携）も整備されており、中学校教員による出前授業や部活動見学などを通じて、進学時の心理的ハードルを低減する取り組みが進められています。学習面においても指導内容の連続性が意識されており、進学後の「中1ギャップ」を予防する配慮がなされています。
なお、他自治体や市外から神足小学校へ転入・転校する際の手続きは以下のステップで行います。
- 住民票の異動手続き：長岡京市役所市民課で転入手続きを行い、転入学通知書の発行を受ける。
- 長岡京市教育委員会での確認：通学区域が神足小学校であることを確認し、指定手続きを完了。
- 学校への連絡と書類提出：前籍校から発行された「在学証明書」および「教科用図書給与証明書」を神足小学校へ提出し、面談を実施。
