ファンが「打ち切り」を疑った最大の理由は、続編の連載期間の短さにある。高校編が終了した後、芳文社の『まんがタイムきらら』にて『けいおん! college』、そして妹誌『まんがタイムきららキャラット』にて残された後輩組を描く『けいおん! highschool』が同時並行でスタートした。だが、両作ともに単行本わずか1巻分、実質1年あまりの連載で同時に幕を閉じる。
物語の構成にも急ぎ足の印象が拭えなかった。大学編では、平沢唯、秋山澪、田井中律、琴吹紬の4人が同じ大学に進学し、新たなライバルバンド「オン・ザ・ラン」のメンバーらと出会う。しかし、新キャラクターたちとの関係性や音楽的なライバル関係が深まり、これから本格的なドラマが展開するという局面であっさりと最終回を迎えてしまった。
さらに、アニメ第2期や劇場版で見せた圧倒的な熱狂と比べ、メディアミックス展開がピタリと止まったこともファンの不信感を煽った。前作の勢いを知る読者にとって、あまりにあっけない結末が「大人の事情による強制終了」に見えたのは無理もないことだった。
